Die Reformation begann im 16. Jahrhundert (Beginn 1501, Ende 1600). Der Beginn der Reformation wird allgemein auf 1517 datiert, als Martin Luther seine 95 Thesen auf die Tür der Schlosskirche zu Wittenberg geschlagen haben soll, aber ihre Ursachen und Vorläufer reichen weiter zurück in die Geschichte.
So gilt als Vorläufer der Reformation der Pfarrer John Wyclif, der im 14. Jahrhundert in England wirkte. Schon er kritisierte offen die Missstände im Klerus und rief zu Reformen auf. So lehnte er den Bilder-, Heiligen- und Reliquienkult sowie das Zölibat und die Transsubstantiationslehre ab. Mit seiner Kritik stieß er bei den Menschen auf offenen Ohren. Die Kirche fürchtete ihn eine gewisse Weile, da sie Angst vor Volksaufständen bei einer Verurteilung von Wyclif hatten. Erst das Konstanzer Konzil verurteilte ihn 1415 zum Ketzer und ließ seine Gebeine posthum verbrennen. Seine Ideen lebten in der Bewegung der Lollarden weiter. Diese Lollarden widersetzten sich der Kirchenhierarchie und traten für die Rechtfertigung durch den Glauben ein. Auch sie wurden als Häretiker verfolgt.
Ebenfalls die Ideen und Vorstellungen aufgenommen hat der Theologiestudent und spätere Professor Jan Hus. Wie auch John Wyclif kritisierte er offen die Habsucht und Verweltlichung des Klerus und plädierte für eine grundlegende Reform. Weiter erkannte er den Papst nicht als höchste Autorität in Glaubensdingen an. Hus' Kritik stieß zur Beunruhigung der Kirche in der Bevölkerung auf großen Zuspruch. Man musste reagieren und enthob Hus aus seinem Amt und ließ ihn 1411 exkommuniziert, woraufhin in Prag Unruhen ausbrachen. Das Ende von Hus bescherte der 6. Juli 1415, an dem er als Ketzer verbrannt wurde. Auch seine Richtung wurde von seinen Anhängern auch nach seinem Tod weiter getragen. Man nannte diese Anhänger "Hussiten", durch die es von 1419 bis 1436 in Böhmen zu kriegerischen Auseinandersetzungen mit dem böhmischen König kam (Hussitenkriege).
Man sieht also, dass auch schon vor Luther sich einen Widerstand gegen die Kirche und ihre damaligen Gepflogenheiten aufgebaut hatte. Damals konnte die Kirche diesen Widerstand aber brechen, in dem sie Menschen, wie Wyclif oder Hus töteten. Erst Luther konnte die Reformation wirklich in Gang setzen.
Am 31.10.1517 veröffentlichte Martin Luther seine 95 theologische Thesen. Er sendete diese an den den Erzbischof von Mainz, von dem er glaubte, dieser wüsste nichts vom Missbrauch des Ablasses. Ob es den berühmten Thesenanschlag an der Schlosskirche zu Wittenberg gegeben hat, ist umstritten. Vier Jahr später, im Jahr 1521, verbot das Edikt von Worms die Lehren Luthers. Daraufhin folgten unter anderem im Jahre 1524-1526 der deutscher Bauernkrieg. Die Bauern sahen in der Lehre von Luther die Rechtfertigung, die verhasste Leibeigenschaft abzulegen, wenn nötig auch mit Gewalt. Das dies nicht im Sinne von Luther war, der den Widerstand mit Worten vorsah, störte die Bauern nicht. Luther selbst war erst auf Seiten der Bauern und warb bei den Fürsten um Verständnis, als er dann aber von dem brutalen und gnadenlosen Vorgehen der Bauern hörte, wandte er sich von ihnen ab und forderte gar die Fürsten zu einem rücksichtslosen Vorgehen gegen die Aufständischen auf.
1555 gab es dann schließlich den Augsburger Religionsfrieden, der ein friedliches Nebeneinander von Lutheranern und Katholiken ermöglichte.